隆务寺历史悠久，据记载最早建于元代大德五年（公元1301年）左右，为藏传佛教萨迦派寺院，当时规模较小。明洪武三年（1370年），明王朝推行“因俗以治”的政策，准建隆务寺。宣德元年（1462年），名僧三木旦仁钦重建隆务寺。其弟罗哲森格为当时隆务寺的宗教领袖，是一位精通大小五明、佛学造诣很深的学者，受到宣德皇帝的尊奉，被封“弘修妙悟国师”，正式建立了这个地区政教合一的统治。这个家族后来得到国师封号者有5人之多。明万历年间，隆务寺大经堂建成，明帝于天启二年（1622年）赐题“西域胜境”匾额，悬于经堂门首。1630年，夏日仓一世雅杰蔼丹嘉措（被认为是三木旦仁钦转世）主持隆务寺，颇受当地群众尊崇，修建了该寺的参尼扎仓（显宗学院）。清乾隆23年，清廷封夏日仓一世为“隆务寺呼图克图宏修妙悟国师”，当时正值三世达赖在青海弘扬格鲁派教法，加上土默特蒙古强大压力，原为萨迦派的隆务十二族政教首领，其区域性的政教合一统治延续近200年。经历辈夏日仓活佛不断扩充，隆务寺规模不断扩大，占地面积曾达到了1300亩，僧人最多时2300人，有经堂35座，僧舍303院，活佛府邸（囊谦）43座，共计9000余间，活佛40余人，属寺200多座我，成为安多地区格鲁派大型寺院之一。